Gornji Vakuf kao gradsko naselje nastao je istom krajem XVI vijeka. Sam naziv ovog pitomog gradića upućuje da ispitivanja o njegovu postanku treba dovesti u vezu sa institucijom vakufa. Valja napomenuti da su vakufi u svim islamskim zemljama odigrali golemu ulogu u urbanom razvitku, pošto su putem vakufa izgrađivani skoro svi objekti javnog značaja u pojedinom naselju. Međutim u slućaju Gornjeg Vakufa, kao i još nekih drugih urbanih centara još je mnogo više naglašena uloga vakufa.
Za postanak Gornjeg Vakufa važi naime analogna situacija kao i sa Donjim Vakufom, Kulen Vakufom, Varcer Vakufom, Skender Vakufom, Skucanim Vakufom, Vakufom (kako se do 1878. nazivao Sanski Most), ali i sa Rudom i Novom Kasabom. Sve ove varoši svoj postanak imaju zahvaliti aktu o uvakuvljavanju kojim se zasnivala varoš, i to obično prvo izgradnjom džamije na trgu, a onda izgradnjom drugih pratećih objekata. Praksa sa izgradnjom varoši na podlozi vakufa poznata je već od prvog doba islama. Spominje se da je drugi halifa Omer izlučivao erazijska zemljišta i stanovništvo koje se naseljavalo u novoosnovanom naselju “ikta” učinio, oprotivši ga danka ili poreza. S tom tradicijom nastavili su i Turci. Radilo se o gradskim naseljim nastalim najviše na erazijskom zemljištu koje je po prijedlogu svojih osnivača, sa sultanskim dopuštenjem postajalo mulkovno uz istovremeno podjeljivanje određenih povlastica. S obzirom na pravni karakter uvakufljenja ovo bi bili evkfi sahiha, od kojih treba razlikovati evkafi gajri sahiha ili tahsisat, gdje je erazijski karakter na zemljištu zadržan, s tim da je vladar, bilo desetinu i penosnu pristojbu, ili samo uživanje.
Postanak Gornjeg Vakufa stoji u najužoj vezi sa vakufom Mehmed – bega, zvanog Stočanina, a to znači da je njegova džamija od fundamentalnog značaja za osnutag same varošice. Zato povijest Gornjeg Vakufa kao gradskog naselja nalazi svoje ishodište u Mehmed – begovoj džamiji.
Prilikom ispitivanja prošlosti Gornjeg kao i Donjeg Vakufa, pa i drugih urbanih centara Skopaljske župe, postoji jedna naročita poteškoća: Ovdje nije od tolike važnosti to što u historijskim vrelima srećemo i sa šeher Skopljem na Vardaru, neovisno od toga što je filiološki jedno i drugo Skoplje različitog porijekla: šeher Skoplje nazvano je po ilirskom Scupi, dok je naziv Skoplje za župu, a po njoj i urbane centre Skoplja izveden od Uskoplje, što će reći usko polje, kakvo ovo polje faktično i jeste: dugo je oko 27 km, a široko svega oko 2 km. Dileme izaziva to što se u historijskim vrelima pojmom Skoplje označava kako župa tako i pojedini urbani: Gornji i Donji Vakuf, pa kako se čini i Prusac. Pojedina vrela često navode općeniti termin Skoplje, imajući u vidu, bilo župu, bilo Gornji ili Donji Vakuf, bilo pak Prusac, pa se često ne zna šta se u pojedinim konkretnim ima podrazumjevati. Inače se u vrelima naš gradić spominje kao Gornji Vakuf, Gornje Skoplje, Vakfi Bala, Vakfi Sagir idt., ali kako rekosmo često i samo kao Skoplje. Poteškoće su donekle i u tome što i izvan Skopljanske župe postoji više gradova koji u svome nazivu sadržavaju oznaku vakuf.
Kraj oko Gornjeg Vakufa kao u ostalom i sva Skopaljska župa, bila je oduvijek izrazito dobro naseljena. Plodnost zemlje, bogatstvo šumom i divljači po okolnim bedima, povoljni uvijeti za ekstraktivno rudarstvo i obradu rude učinili su ovaj kraj odavno privlačnim za ljudska naselja.
Još potkraj XVII vijeka jedan mletački uhoda vjerovao je da zapadno od Prusca – što će reći na širem sektoru Gornjeg Vakufa sa Vranicom, Radovanom i Rosinjom – postoji rudnik zlata.
Već u prvim izvorima o postojanju bosanske države, Uskopaljska dolina se spominje kao sastvani dio zemlje kojom vladaju bosanski vladari. To je jedno vrijeme granično područje Bosne, tako da su česti upadi hajduka i drugih razbojnika u Skopljsku dolinu.
Mjesto i uloga ovog kraja ogleda se i u zastupljenosti srednjovjekovnih utvrda. U Glasniku Zemaljskog muzeja od 1901. fodine, tvrdi se kako se “po brdima oko Gornjeg Vakufa, osobito onima sa sjeverne i zapadne strane, nizahu veliki i tvrdi gradovi nekadašnjih domaćih velmoža, a podno brda bijahu rasijana sela”. Uz BISTRICU gdje su se navodno u srednjem vijeku održavali vašeri i bila crkva nalazila se dva grada, jedan istočno a drugi zapadno. Nešto istočnije na Središtu, iznad Krupske špilje, bio bi također jedan grad, a tamo gdje se Volješnica sastaje s Vrbasom, postoji lokalitet Podgrađe.
Ništa rječitije o naseljenosti kraja oko Gornjeg Vakufa ne govori koliko brojnost srednjovjekovnih stečaka. U gornjovakufskoj općini postoji oko 581 stećak, najviše u formi sanduka i to na području samog Gornjeg Vakufa, zatim Bistrice, Volara, Podgrađa, Paloča, Donje Bistrice, Hrasnice, Voljica, Pidriša, Vrse, Krupe, Dobrošina, Pridvoraca, Voljevca i Ždrimaca. Na neke od ovih srednjovjekovnih nekropola teritorijalno se nadovezuju stara katolička i stara muslimanska groblja, što indicira na kontinuitet srednjovjekovnog stanovništva sa stanovništvom najranijeg turskog doba. Ovdje je posebno interesantno Mezarije Šehitluci u selu Bistrica, situirano na jednoj glavici, iznad lokaliteta Crkvine, u blizini skupine stećaka.
